
Stefano Lilipaly menjadi salah satu nama yang dipanggil ke skuad Timnas Indonesia jelang melawan China pada Juni dan Jepang pada 10 Juni nanti. Pemain Borneo FC itu berkesempatan debut membela 'Garuda' di era Patrick Kluivert.
Selama membela Timnas Indonesia, Lilipaly sudah merasakan tangan dingin dari banyak pelatih. Ketika debut dalam sebuah laga persahabatan pada Agustus 2013, pelatih Timnas Indonesia yang mengalahkan Filipina 2-0 kala itu adalah Jacksen F Tiago. Ia mencetak assist untuk gol Greg Nwokolo.
Tiga tahun berselang, Lilipaly masuk dalam skuad Timnas Indonesia yang menjadi runner up Piala AFF 2016. Waktu itu, Alfred Riedl yang pegang kendali kepelatihan di skuad 'Merah Putih'.
Pada 2017, Lilipaly merasakan gemblengan Bima Sakti yang menjadi pelatih interim Timnas Indonesia. Ia berlaga kala mereka melawan Puerto Rico dan Fiji dalam laga persahabatan.

Setahun kemudian, Stefano Lilipaly masuk dalam skuad Asian Games yang dilatih Luis Milla. Namun, ada juga sejumlah laga Timnas Indonesia senior yang juga dilatih Milla dan eks pemain Almere City itu berpartisipasi di dalamnya pada 2018.
Setelah Luis Milla pergi, Bima Sakti sempat kembali mengambil kemudi Timnas Indonesia untuk Piala AFF 2018. Di sana, Lilipaly kembali unjuk gigi, tetapi gagal membawa tim lolos dari fase grup.
Lalu pada 2019, Stefano Lilipaly merasakan arahan Simon McMenemy. Ia termasuk dalam skuad yang babak belur di Kualifikasi Piala Dunia 2022, di mana ia merasakan dikalahkan Malaysia 2-3, Thailand 0-3, UEA 0-5, dan Vietnam 1-3.
Lilipaly kemudian baru kembali ke Timnas Indonesia pada Juni 2022 saat ditahan Bangladesh 0-0 di Bandung. Pelatihnya sudah Shin Tae-yong.

Winger kelahiran Amsterdam itu juga bagian dari skuad yang bantu meloloskan Indonesia ke Piala Asia via kualifikasi. Lilipaly main saat menang 2-1 atas Kuwait dan kalah 0-1 dari Yordania.
Stefano Lilipaly terakhir kali membela Timnas Indonesia pada 2023. Pada Maret, ia main saat pasukan Shin Tae-yong dua kali melawan Burundi di Jakarta dan terakhir saat mengalahkan Turkmenistan 2-0 di Surabaya. Dari tiga laga itu, ia mencetak dua assist.
Dan kini, absennya Ragnar Oratmangoen menjadi peluang baginya untuk debut membela Timnas Indonesia lagi. Musim ini, pemain 35 tahun itu mencetak 5 gol dan 4 assist dari 23 laga membela Borneo FC di Liga 1. Akankah ia mendapat kepercayaan dari Patrick Kluivert?